当论文被知网检测系统判定为重复时，作者首先应该认真审查重复部分，并进行修改或引用注明。同时，作者应主动与期刊编辑沟通，解释原因并提供证据，以避免不必要的误解。此外，作者还可以寻求学术团体或导师的帮助，共同探讨解决方案，保护自身学术声誉。

另外，作者在遭遇此类困境时，应保持冷静，不要慌乱处理，避免造成更大的负面影响。可以考虑对涉及重复的部分进行重新创作或深入研究，以提升论文质量和独创性。同时，作者也可以寻求学术指导或专业编辑的帮助，确保论文符合学术规范，最终克服学术交流困境，继续发展自己的学术道路。